在瓦楞纸箱上进行凸版印刷，往往由于承印面积比较大，一来会对纸箱的瓦楞造成定程度的损伤，影响纸箱的抗压强度；二来当采用网线版时，质量也难于控制，效果是很不理想的。在瓦楞纸板或纸箱上印刷，目前多采用由凸版印刷演变而成的柔性版印刷。般的凸版印刷仅应用在以单机生产瓦楞纸箱工艺中，供裱纸之前在面纸上印刷文字或商标之用。
常规的柔性版印刷瓦楞纸箱工艺是直接在瓦楞纸板上进行印刷，使用的是水基油墨，我国瓦楞纸板印刷多采用水墨，这是因为：瓦楞纸板的文字图案简单，无需很高的光泽；瓦楞纸板的面纸，结构疏松，有较强的吸墨性，采用水性油墨印刷有利于渗透干燥；水性油墨无毒、无味、又不易燃，既不会影响产品质量，又使用方便安全、成本低。
瓦楞纸板彩色柔印的工艺可概括为：图文设计→图像处理→制版→印刷→模切→制箱。
随着柔性版印刷技术的不断改进，在瓦楞纸板上采用柔印方式也愈来愈多，该印刷方式具有如下优点：
(1)柔性版印刷机结构简单，成本低，价格仅为胶印机或凹版印刷机的二分之，并易于与其他加工设备联机作业。般瓦楞纸板面积大，长度可达2～3m，如果采用其他印刷设备，则需要设备庞大、操作维修也困难，而柔性版印刷机结构简单，还可与其他工序如压痕、开槽模切、涂胶、制箱等相应机械组合在起进行联机连续作业。
(2)柔性版的弹性变形，在印刷过程中可以弥补瓦楞纸板的厚薄误差与表面的不平，使印刷墨色均匀，从而提高了瓦楞纸板的印刷质量和强度。
(3)柔性版印刷采用网纹辊传墨，便于水性油墨传递，并且印版只需轻轻接触瓦楞纸板，水性油墨几乎会被全部吸收。
(4)印刷过程中印版装卸容易、材料损耗少，适合于大批量印刷品的印刷。
(5)瓦楞纸板由于厚薄不匀，在般方法的印刷过程中纸面各处受压力不致，厚的部分印迹发糊，薄的部分接触不良印迹空虚不实。而柔性版印刷属于轻印刷压力，其压力小，仅仅是传统凸版印刷压力的1/30,即使印版压缩变形后也能较好地接触瓦楞纸板。
(6)柔性版不仅可以使用小幅面印刷，而且还可用于卷筒纸大幅面的印刷。
柔性版印刷瓦楞纸箱要注意以下问题：避免满版印刷；文字要清晰；油墨颜色饱和；考虑实际油墨参数、网点扩大等参数；考虑网点的不同线数、柔印机的幅宽和印刷开槽机，以及不同材料和压力的影响等等。柔性版直接印刷工艺适用于第类纸箱生产工艺过程，目前在我国的纸箱厂中应用很广泛。
